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<body ocsi="0" fpstyle="1" lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Thanks! That fixed it. :)<br>
<div><br>
<div style="font-family: Tahoma; font-size: 13px;">
<div class="BodyFragment"><font size="2">
<div class="PlainText">Brianna Knoll<br>
<font size="+0"><font size="2">Biomedical Engineering</font></font> Student<br>
<font size="+0"><font size="2">University of Iowa </font></font><br>
Class of 2013</div>
</font></div>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF168312"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> M.Staring@lumc.nl [M.Staring@lumc.nl]<br>
<b>Sent:</b> Thursday, August 04, 2011 6:10 AM<br>
<b>To:</b> Knoll, Brianna M; elastix@bigr.nl<br>
<b>Subject:</b> RE: New User<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);">Hi Brianna,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);">At lines 19 & 20 of your rigid parameter file you have:</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);">(FixedImageDimension 2)</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);">(MovingImageDimension 2)</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);">If you change them to</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);">(FixedImageDimension 3)</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);">(MovingImageDimension 3)</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);">it should work for your data.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);">Regards,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);">Marius</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri","sans-serif"; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>
<div>
<div style="border-width: 1pt medium medium; border-style: solid none none; border-color: rgb(181, 196, 223) -moz-use-text-color -moz-use-text-color; padding: 3pt 0cm 0cm;">
<p class="MsoNormal" style="margin-left: 36pt;"><b><span style="font-size: 10pt; font-family: "Tahoma","sans-serif";">From:</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: "Tahoma","sans-serif";"> elastix-bounces@bigr.nl [mailto:elastix-bounces@bigr.nl]
<b>On Behalf Of </b>Knoll, Brianna M<br>
<b>Sent:</b> woensdag 3 augustus 2011 19:20<br>
<b>To:</b> elastix@bigr.nl<br>
<b>Subject:</b> Re: [elastix] New User</span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left: 36pt;"> </p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left: 36pt;"><span style="font-size: 10pt; font-family: "Tahoma","sans-serif"; color: black;">Dear Elastix Team -</span></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-left: 36pt;"><span style="font-size: 10pt; font-family: "Tahoma","sans-serif"; color: black;">    I just started working with elastix this past week. I have begun with the 'default' parameter files you provide to perform a
 simple deformation. I am trying to deform 309 follow-up scans to a patient's 325 baseline lung scans. I have attached the parameter files I am using, the input I place into the command window, and the "log" it outputs. I have figured out that it has to do
 with my CT images being 3D instead of 2D but I seem to missing where in the parameter file I need to make this switch. It runs through, but the .mhd files it makes are just blank images. Your help would be appreciated. Thanks so much.</span></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left: 36pt;"><span style="font-size: 10pt; font-family: "Tahoma","sans-serif"; color: black;"> </span></p>
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<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left: 36pt;"><span style="font-size: 10pt; font-family: "Tahoma","sans-serif"; color: black;">Brianna Knoll
<br>
University of Iowa<br>
Biomedical Engineering</span></p>
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