<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Jamie,<br>
    Thanks for your interest in elastix. The warnings are not a problem.
    They just inform you that some parameters were not specified and
    that elastix takes a default value. <br>
    The error means that the fixed and moving image do not have a
    sufficiently large initial overlap. Or maybe your moving image is
    much smaller than your fixed image. Could you email us:<br>
    - The size of the images<br>
    - The voxel size<br>
    Kind regards,<br>
    Stefan<br>
     <br>
    <br>
    On 9-8-2011 19:55, Robinson, Jamie wrote:
    <blockquote
cite="mid:AB45752CD13C724FB1AAA26FDE4F6E3701992689@AMSPRD0104MB121.eurprd01.prod.exchangelabs.com"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
      <div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color:
        #000000;font-size: 10pt;">I am working on developing some
        software that compares two nuclear medicine whole body bone
        scans both intra and intersubject. Previously, I have used a
        registration package bUnwarpJ  in ImageJ for this purpose.
        However, I was not satisfied with the results (it uses a simple
        sum of squared intensity differences as a metric) and would now
        like to try something a bit more sophisticated and stumbled
        across elastix.<br>
        <br>
        I followed the user manual on how to install the package and
        downloaded the default parameter configuration files. However,
        upon running the command
        <br>
        <br>
        <span style="color: rgb(255, 0, 0);">elastix -f FS1.dcm -m
          FS2.dcm -p ParameterFiles/Parameters_Affine.txt -p
          ParameterFiles/Parameters_BSpline.txt -out .</span><br>
        <br>
        <span style="color: rgb(0, 0, 0);">I am met with a whole bunch
          of warnings before the software fails. I have attached the log
          file but have no idea why the software fails. Can anyone offer
          any help.<br>
          <br>
          Thanks,<br>
          Jamie<br>
        </span></div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
elastix mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:elastix@bigr.nl">elastix@bigr.nl</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.bigr.nl/mailman/listinfo/elastix">http://lists.bigr.nl/mailman/listinfo/elastix</a>
</pre>
    </blockquote>
  </body>
</html>