Hi Elastix team,<br><br>I'm working on registering 3D images with a BSpline transform. They are limited angle tomography images with different depths (a 10 slice difference) and the resolution is 0.1 x 0.1 x 1 mm. My problem is that the final registered image has blank holes in it. Typically the top and bottom slices of the volume have the most holes. When I use the same parameters for 2D registration with slices from these images, the registered image is well aligned with the static image and there are no holes. Does any one know what could be the reason for the errors I'm getting with 3D registration? As a side note, I've had a similiar issue with affine transforms but instead of holes, the slices in the final image look as if they were cropped.<br>
<br>Here's some more info about my parameters if it helps:<br>Optimizer: advanced stochastic gradient descent with automatic parameter estimation<br>Metric: advanced mattes mutual information<br>Image sampler: random coordinate<br>
Number of iterations: 1000<br>Number of resolutions: 10<br><br>Thank you,<br>Kristen<br>