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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi Kristen,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:0cm;margin-right:0cm;margin-bottom:12.0pt;margin-left:36.0pt">
Is there a way to specify that data in certain slices should always remain in the same plane while data in other slices are allowed to deform in any direction? MovingImageDerivativeScales seems like it might help if there is a way to specify that parameter
 for specific parts of the data.<span style="color:#1F497D"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:0cm;margin-right:0cm;margin-bottom:12.0pt;margin-left:36.0pt">
<span style="color:#1F497D">The MovingImageDerivativeScales indeed only set this globally, not per slice. There is no nice way that lets you specify this per slice. As a hack you could abuse the Scales parameter: set the B-spline parameters that correspond
 to the z-direction of a certain slice to a very large value. But this is quite cumbersome.</span><br>
<br>
Alternatively, is there a way to specify fixed image landmark positions AND moving image landmark positions as inputs for registration? I was looking at the thin-plate splines transform which appears to only allow fixed landmarks as input. Ideally, I would
 want to continue using a BSpline transform but be able to provide these landmarks in order to help guide the registration.<span style="color:#1F497D"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Yes, there is. You can use the CorrespondingPointsEuclideanDistanceMetric:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><a href="http://elastix.isi.uu.nl/doxygen/classelastix_1_1CorrespondingPointsEuclideanDistanceMetric.html">http://elastix.isi.uu.nl/doxygen/classelastix_1_1CorrespondingPointsEuclideanDistanceMetric.html</a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">We have used it to do exactly that in:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><a href="http://elastix.isi.uu.nl/marius/publications/2011_c_MICCAIb.html">http://elastix.isi.uu.nl/marius/publications/2011_c_MICCAIb.html</a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">which contains details on this metric.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">We will soon post parameter files on the wiki:
<a href="http://elastix.bigr.nl/wiki/index.php/Par0014">http://elastix.bigr.nl/wiki/index.php/Par0014</a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Regards,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Marius<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><o:p> </o:p></p>
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