<div dir="ltr">Dear Rahul,<div><br></div><div style>Yes you are. Consider using a smaller image (for example by cropping away empty space or storing the image in shorts instead of floats), or try the ImageRandomSampler as suggested. Last option: add memory to your PC :).</div>
<div style><br></div><div style>HTH,</div><div style>Coert</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 5, 2013 at 10:54 PM, Rahul Khare <span dir="ltr"><<a href="mailto:rahul.vedic@gmail.com" target="_blank">rahul.vedic@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I have been trying to replicate results from the paper "<span style="line-height:19.046875px;font-size:13px;font-family:sans-serif"> </span><a rel="nofollow" href="http://dx.doi.org/10.1016/j.media.2010.10.003" style="font-size:13px;text-decoration:none;color:rgb(102,51,102)" target="_blank">Nonrigid registration of dynamic medical imaging data using nD+t B-splines and a groupwise optimization approach</a>" using 4D CT data that I have. The data is about 1GB in size. When I use the parameter file given at the link (<a href="http://elastix.bigr.nl/wiki/index.php/Par0012" target="_blank">http://elastix.bigr.nl/wiki/index.php/Par0012</a>), I get an error as shown below (from the log file):</div>

<div><br></div><div><div>itk::ExceptionObject (0000000000A0F278)</div><div>Location: "ElastixTemplate - Run()" </div><div>File: c:\users\wyke\documents\elastix4.6\src\common\imagesamplers\itkImageRandomSamplerSparseMask.txx</div>

<div>Line: 85</div><div>Description: itk::ERROR: RandomSamplerSparseMask(0000000002CCBFC0): ERROR: This ImageSampler internally uses the ImageFullSampler. Updating of this internal sampler raised the exception:</div><div>

itk::ERROR: ImageFullSampler(0000000002CD0F50): std: bad allocation</div><div>ERROR: failed to allocate memory for the sample container.</div><div>You are using the ImageRandomSamplerSparseMask sampler, but you did not set a mask. The internal ImageFullSampler therefore requires a lot of memory. Consider using the ImageRandomSampler instead.</div>

<div><br></div><div>Error occurred during actual registration.</div><div><br></div><div><br></div><div>Errors occurred!</div><div><br></div><div>Does this error mean I am running out of memory? What can I do to avoid this error?</div>

<div><br></div><div>Thank you.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>Rahul.</div></font></span></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Elastix mailing list<br>
<a href="mailto:Elastix@bigr.nl">Elastix@bigr.nl</a><br>
<a href="http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix" target="_blank">http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>