<p dir="ltr">Bilal, did you take into account the fact that the transformation is inverse</p>
<div class="gmail_quote">On Apr 19, 2013 6:29 AM, "S. Klein" <<a href="mailto:s.klein@erasmusmc.nl">s.klein@erasmusmc.nl</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
Hi Bilal, elastix takes into account the direction cosines of the images.<br>
Do you store the landmarks in world coordinates or in voxel coordinates?<br>
Do you use the .vtk format or the input point .txt format to supply the points to transformix?<br>
In your registration, did you set UseDirectionCosines to "true"? <br>
Kind regards,<br>
Stefan<br>
<br>
On 18/04/2013 02:52, Bilal Tahir wrote:<br>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">Dear All,
<div><br>
</div>
<div>I recently moved from VV to Slicer for defining expert landmarks on fixed and moving images prior to registration. I then use transformix to deform the fixed points so I can compare them with original moving points via the target registration error.</div>

<div><br>
</div>
<div>One thing I noticed is that Slicer defines the points (via fudicial markers in the annotations module) in the RAS coordinate system as default. Putting these values into transformix gives me completely wrong results. Is Elastix based on the LPS coordinate system
 as default or another one? Below is part of  my header data for the fixed image:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>ObjectType = Image</div>
<div>NDims = 3</div>
<div>BinaryData = True</div>
<div>BinaryDataByteOrderMSB = False</div>
<div>CompressedData = False</div>
<div>TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1</div>
<div>Offset = -215.592 -<a href="tel:417.592%20-323.5" value="+14175923235" target="_blank">417.592 -323.5</a></div>
<div>CenterOfRotation = 0 0 0</div>
<div>AnatomicalOrientation = RAI</div>
<div>ElementSpacing = 0.816406 0.816406 1.78125</div>
<div>DimSize = 512 512 160</div>
<div>ElementType = MET_SHORT</div>
<div>ElementDataFile = fixed.raw</div>
<div><br>
</div>
<div>Here is the header data for the moving image:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>ObjectType = Image</div>
<div>NDims = 3</div>
<div>BinaryData = True</div>
<div>BinaryDataByteOrderMSB = False</div>
<div>CompressedData = False</div>
<div>TransformMatrix = 1 0 0 0 1.52656e-015 -1 0 1 5.55112e-017</div>
<div>Offset = -212.209 -155 200.502</div>
<div>CenterOfRotation = 0 0 0</div>
<div>AnatomicalOrientation = RSA</div>
<div>ElementSpacing = 1.6797 1.6797 10</div>
<div>DimSize = 256 256 24</div>
<div>ElementType = MET_SHORT</div>
<div>ElementDataFile = moving.raw</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I look forward to hearing your replies.</div>
<div><br>
</div>
<div>Cheers,</div>
<br>
Bilal Tahir,
<div>James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging</div>
</div>
</div>
<br>
<fieldset></fieldset> <br>
<pre>_______________________________________________
Elastix mailing list
<a href="mailto:Elastix@bigr.nl" target="_blank">Elastix@bigr.nl</a>
<a href="http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix" target="_blank">http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix</a>
</pre>
</blockquote>
<br>
<pre cols="72">-- 
Stefan Klein
<a href="tel:%2B31%2010%207043049" value="+31107043049" target="_blank">+31 10 7043049</a>
<a href="http://www.bigr.nl/people/StefanKlein" target="_blank">http://www.bigr.nl/people/StefanKlein</a></pre>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Elastix mailing list<br>
<a href="mailto:Elastix@bigr.nl">Elastix@bigr.nl</a><br>
<a href="http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix" target="_blank">http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix</a><br>
<br></blockquote></div>