<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Sounds like a good idea, thanks Stefan.<br></div><br></div>Is there a way to use a specific band in a cube as the fixed image and another as the moving?  <br></div>Or would I need to pull the bands out as separate 2D image files?     <br>
</div><br>I'm assuming this is not possible, but thought I'd ask.  <br>It's trivial to pull the slices but I'd like to take the resulting transform and apply it to a certain range of bands within the cube.  Not to the whole cube. <br>
I could split the cube, apply the transform to one piece, and reassemble..  but the IO time would double.   <br><br> ( These are spectral cubes: spatial, spatial, spectral. )<br><br><br></div><br><br><br></div><div><div><div>
<div>   <br></div></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 8, 2014 at 11:12 AM, S. Klein <span dir="ltr"><<a href="mailto:s.klein@erasmusmc.nl" target="_blank">s.klein@erasmusmc.nl</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
Hi David,<br>
It is not directly possible like this. <br>
The most easy solution would be to write a little .mhd header file next to your .raw file.
<br>
In the elastix example, there is an example .mhd/.raw file. Just open it with a text editor, and you will probably figure out how it works.<br>
Cheers,<br>
Stefan<div><div class="h5"><br>
<br>
<div>On 08/05/2014 17:07, McInnis, David wrote:<br>
</div>
</div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>Hi,<br>
</div>
<br>
I'm just learning about Elastix and am trying to figure out how to read in raw data cubes.<br>
</div>
I got as far as finding the module:  ITKIORAW   at    <a href="http://www.itk.org/Doxygen45/html/group__ITKIORAW.html" target="_blank">
http://www.itk.org/Doxygen45/html/group__ITKIORAW.html</a><br>
</div>
but I'm not a great coder and cannot find where the syntax structure is.   And how would it translate to Elastix's syntax?<br>
<br>
</div>
In ITK's own software guide they simply say you can read raw files..  but should avoid doing so with medical data.   :-/    
<br>
<br>
</div>
Anyway I tried guessing, without luck:<br>
</div>
>   elastix -f myfile.dat <a href="tel:800%20600%20712%202" value="+18006007122" target="_blank">800 600 712 2</a>   ...<br>
</div>
meaning a 712 band cube of 800x600 as 2B ints<br>
<br>
</div>
Anyone have a clue?<br>
<br>
</div>
Thanks,<br>
</div>
David<br>
<br>
<br>
</div>
btw..  I may not be much of a coder but I do appreciate how well Elastix is written and commented and documented (ummm..  excepting my question :-)   ).    This is just beautiful work.<br>
<br>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<fieldset></fieldset> <br>
</div></div><pre>_______________________________________________
Elastix mailing list
<a href="mailto:Elastix@bigr.nl" target="_blank">Elastix@bigr.nl</a>
<a href="http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix" target="_blank">http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></pre><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></blockquote><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<br>
<pre cols="72">-- 
Stefan Klein
<a href="tel:%2B31%2010%207043442" value="+31107043442" target="_blank">+31 10 7043442</a>
<a href="http://www.bigr.nl/people/StefanKlein" target="_blank">http://www.bigr.nl/people/StefanKlein</a></pre>
</font></span></div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>David McInnis  -  MTEQ Inc<br>505-510-1818     <a href="mailto:dmcinnis@mteq.com" target="_blank">dmcinnis@mteq.com</a><br>NVESD bldg 357, rm 225<br>Ft Belvoir, VA
</div>