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<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;">Dear elastix users,</span><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;"><o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;">I’m working with elastix and transformix to obtain deformation fields.<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;">I write the images I'm working either in nifty or in mhd format (specifying the pixel spacing in the associated header files).<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;"><br>
</span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;">If I use transformix (with a previously defined transformation parameter) to “Transform” my moving image (i.e. to create the deformed moving image), the output is correct having the same image properties then the
 input (i.e. the image dimensions and pixel size is the same). </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;"><br>
</span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;">The problem is that, if I use the same transformation parameters but I select “Deformation Field” instead, the output image has the same dimensions as the input BUT the pixel spacing in x and y are swapped.<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;">Perhaps the problem is caused </span><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;">by the anatomical orientation used by nifti and mhd formats versus the anatomical orientation used by itk.<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;"><br>
</span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;">I tried to write my images using both RAI and ASL orientation but nothing seems to work. </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt;"><br>
</span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;">So, in conclusion, I would like to know your opinion about this matter. </span><span style="font-size: 11pt;">Is the problem caused by the anatomical plane I’m writing my images? </span><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt;">If
 it is an orientation problem, shouldn’t the pixel dimension be swapped also? Finally, why does it work with every image format when doing the transformation and not when asking for the deformation field?<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span></div>
<div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt;">Many thanks in advance,</span></div>
</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt;"><br>
</span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="font-size: 11pt;">Catarina </span></div>
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<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; orphans: 2; widows: 2; margin: 0cm 0cm 0.0001pt;">
<span lang="FR-BE"><font color="#00a1d6" face="Arial, sans-serif" size="4"><b><br>
</b></font></span></div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; orphans: 2; widows: 2; margin: 0cm 0cm 0.0001pt;">
<span lang="FR-BE"><font color="#00a1d6" face="Arial, sans-serif" size="4"><b><br class="Apple-interchange-newline">
<br>
</b></font></span></div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; orphans: 2; widows: 2;">
<span lang="EN-US" style="font-size: 8pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(102, 102, 102);"><br>
</span></div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br>
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