<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
Hi Matthew,<br>
It would be best to convert the directory with dicom slices to a 3D image format. Elastix does not support reading a dicom directory.
<br>
Nifti (.nii) and meta image (.mhd/.raw)  are convenient formats in my experience.<br>
Best,<br>
Stefan <br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 24-2-2015 15:53, Matthew Getzin wrote:<br>
</div>
<blockquote cite="mid:CALhfSEb=MXUqZnqD50w1iZySbORY_avoFxEdnEBfFi0xs_YZ2w@mail.gmail.com" type="cite">
<p dir="ltr">Hello,</p>
<p dir="ltr">I am interested in registering two sets of 3D images acquired on CT and MRI machines. While there are plenty of potential questions, I will start with a relatively basic one: what image type should I use? I currently have a database of dicom images,
 but in my experience these are relatively hard to work with.  Each volume can have anywhere from 800 to 2000 dicom files for each slice.</p>
<p dir="ltr">If dicom is the best option, do I feed the program the entire folders of dicoms or is there another way of working with the files and memory allocation?
</p>
<p dir="ltr">Best,</p>
<p dir="ltr">Matthew Getzin</p>
<br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> <br>
<pre wrap="">_______________________________________________
Elastix mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Elastix@bigr.nl">Elastix@bigr.nl</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix">http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix</a>
</pre>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>