<div dir="ltr"><div><div>Dear Floris,<br><br></div>Thank you so much for your answer, so I suppose that it is located points away from the moving<br></div><div>domain so it is a way to say undefined. But I wonder why it does this, is there any way<br></div><div>to solve this problem?.<br><br></div><div>Thanks again !!<br></div><div>Sicnerely<br></div><div>Esmeralda<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 24, 2015 at 2:26 PM, Floris Berendsen <span dir="ltr"><<a href="mailto:floris@isi.uu.nl" target="_blank">floris@isi.uu.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Hi Esmeralda,<br><br>The black hole could be caused by the finite domain of the moving image. You can see if this is the case by setting the DefaultPixelValue to a specific value, e.g. 10. Any pixel with this value showing up in the result image is likely to be from outside the original moving domain and cannot be considered part of the object nor the background, but must be considered 'undefined'.<br><br></div>Best,<br></div>Floris<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Tue, Feb 24, 2015 at 12:57 PM, Esmeralda Ruiz Pujadas <span dir="ltr"><<a href="mailto:esmeralda.ruizpujadas@gmail.com" target="_blank">esmeralda.ruizpujadas@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div>Dear all,<br><br></div>I am writing because I got some artifacts in non-rigid registration<br></div>and I am wondering if someone had the same problem. I attach<br></div>the image the moving obtect is applying a non-rigid registration<br></div>using the script below, it is simply a non registration having<br></div>certain limits in their bending as i do not want to lose the details.<br></div>But as a results the first 3 frames I get that the biggest object<br></div><div>is cropped and only the border is presenved when the other moving image<br></div><div>is very similar to this one, so i do not understand this result.<br><br></div><div>Thank you so much<br></div><div>Sincerely<br></div><div>Esmeralda<br></div><div><div><div><div><div><div><div><div><br><br><br>// ********** Image Types<br><br>(FixedInternalImagePixelType "float")<br>(FixedImageDimension 3)<br>(MovingInternalImagePixelType "float")<br>(MovingImageDimension 3)<br>(UseDirectionCosines "true")<br>(Direction 1 0 0 0 1 0 0 0 1)<br>(ComputeZYX "false")<br><br>// ********** Components<br><br>(Registration "MultiMetricMultiResolutionRegistration")<br>(FixedImagePyramid "FixedSmoothingImagePyramid")<br>(MovingImagePyramid "MovingSmoothingImagePyramid")<br>(Transform "BSplineTransform")<br>(Metric "AdvancedMattesMutualInformation" "TransformBendingEnergyPenalty")<br>(Optimizer "AdaptiveStochasticGradientDescent")<br>(Interpolator "BSplineInterpolator")<br>(ResampleInterpolator "FinalBSplineInterpolator")<br>(Resampler "DefaultResampler")<br><br>// ********** Pyramid Scheme<br><br>//Identical scheme for fixed and moving image:<br>(NumberOfResolutions 2)<br>(ImagePyramidSchedule 1 1 1 0 0 0)<br><br>// ********** Transform<br><br>(BSplineTransformSplineOrder 3) //Default: 3<br>//Can also be specified with a parameter for each dimension<br>(FinalGridSpacingInVoxels 2.0)<br>(GridSpacingSchedule 8.0 4.0)<br>(HowToCombineTransforms "Compose")<br><br>// ********** Metric<br><br>//Can also be specified with a parameter for each resolution<br>(SubtractMean "true") //Default: true<br>(Metric0Weight 0.6)<br>(Metric1Weight 0.4)<br><br>// ********** Optimizer<br><br>//Can also be specified with a parameter for each resolution<br>(MaximumNumberOfIterations 250)<br>(AutomaticParameterEstimation "true")<br>(UseAdaptiveStepSizes "true")<br><br>(NumberOfJacobianMeasurements 65536)<br>(NumberOfSamplesForExactGradient 32768)<br><br>// ********** Masks<br><br>(ErodeMask "false")<br><br>// ********** ImageSampler<br><br>(ImageSampler "RandomCoordinate")<br>(NewSamplesEveryIteration "true")<br>(NumberOfSpatialSamples 32768)<br><br>(UseRandomSampleRegion "false")<br><br>// ********** Interpolator and Resampler<br><br>//B-Spline interp order used in each resolution:<br>//Can also be specified with a parameter for each resolution:<br>(BSplineInterpolationOrder 2)<br><br>//B-Spline interp order used for applying the final deformation:<br>(FinalBSplineInterpolationOrder 0)<br><br>//Default pixel value for pixels outside the picture:<br>(DefaultPixelValue 0)<br><br>// ********** Several/MISC<br><br>(WriteTransformParametersEachIteration "false")<br>(WriteTransformParametersEachResolution "false")<br>(WriteResultImageAfterEachResolution "false")<br>(WriteResultImage "true")<br>(CompressResultImage "false")<br>(ResultImageFormat "nii")<br>(ShowExactMetricValue "false")<br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Elastix mailing list<br>
<a href="mailto:Elastix@bigr.nl" target="_blank">Elastix@bigr.nl</a><br>
<a href="http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix" target="_blank">http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>