<html>
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<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
Hi Fabien, not sure if it's still relevant (i was cleaning up old mails and found this one): when you want to build a population template based on averaging multiple pairwise registration, you should average only transformations which were computed with the
 same fixed image. <br>
<br>
T_ij = transformation result for fixed image i, moving image j<br>
TMEAN_i = 1/N sum_j T_ij<br>
TMEANINV_i = invert (TMEAN_i)<br>
Then bring image i to mean space according to TMEANINV_i, using transformix.<br>
<br>
Cheers,<br>
Stefan<br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 18-02-2015 10:43, Fabien PERTUY wrote:<br>
</div>
<blockquote cite="mid:9E5CED3A272D1445812813A54573FE33AC6E65@SERV-MAILBOX2.igbmc.u-strasbg.fr" type="cite">
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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi Coert,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D" lang="EN-US">Thank you for your interest.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D" lang="EN-US">Yes I do include an identity transform.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D" lang="EN-US">I you consider images A, B and C, and mX_fY the transformation from the registration of moving image X to the fixed image Y.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D" lang="EN-US">I tested mean(mA_fA; mA_fB; mA_fC) using WeightedCombinationTransform afterward in TransformiX compared to  mA_fA_fB_fC using MultiMetricMultiResolutionRegistration
 in ElastiX.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D" lang="EN-US">Regards,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D" lang="EN-US">Fabien<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">De :</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Coert Metz [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:coert.metz@gmail.com">mailto:coert.metz@gmail.com</a>]
<br>
<b>Envoyé :</b> mercredi 18 février 2015 09:34<br>
<b>À :</b> Fabien PERTUY<br>
<b>Cc :</b> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:elastix@bigr.nl">elastix@bigr.nl</a><br>
<b>Objet :</b> Re: [Elastix] µCT population average<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Fabien,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">When you average, do you include one identity transform for Tii (so transformation from subject to itself)? This might be the reason it's not working.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">See, for example also section 2.2 of <a moz-do-not-send="true" href="http://bigr.nl/website/index.php?page=publications&subpage=publication&id=547">http://bigr.nl/website/index.php?page=publications&subpage=publication&id=547</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Regards,<br>
Coert Metz<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Wed, Feb 18, 2015 at 9:21 AM, Fabien PERTUY <<a moz-do-not-send="true" href="mailto:pertuy@igbmc.fr" target="_blank">pertuy@igbmc.fr</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US">Hi ElastiX community,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US">I am a new user of ElastiX interested in registration of µCT scans to generate population average that could be used to create custom atlases.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US">I tried to reproduce described approaches (including Roy van Pelt’s) based on computing the mean of several transforms. The results I got with these methods were
 not good at all, although I tried several parameters.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US">In the mean time I succeeded using multiImageRegistration, registering each image to all others at once.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US">My main concern is that I cannot figure why I won’t get se same result with one image registration to multiple fixed images (moving_A to fixed_A, fixed_B, fixed_C)
 and with the mean of the transforms of the same moving image to each fixed images (mean of moving_A to fixed_A, moving_A to fixed_B and moving_A to fixed_C, performed using WeightedCombinationTransform) . Could anyone help me with that ?</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US">The reason why I want to switch to the mean of 1 to 1 transforms instead of a single 1 to multi registration is RAM consumption. For now I work with 100Mo stacks,
 and I completely fill 32Go RAM with the registration of 1 moving and 20 fixed images. I will probably have to work with over 30 of these images at once and this will heavily use swap instead of my RAM, wasting a lot of time. Moreover I will also have to work
 with larger data (3-9Go images) and I will probably encounter similar memory problems.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US">I would also be interested if someone could give me any tip to lower RAM consumption.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US">You can find a typical parameter file attached, used to register 1 moving to 9 fixed images with bspline transform.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="EN-US">Kind regards,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888" lang="EN-US"> </span><span style="color:#888888"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888" lang="EN-US">Fabien Pertuy</span><span style="color:#888888"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
_______________________________________________<br>
Elastix mailing list<br>
<a moz-do-not-send="true" href="mailto:Elastix@bigr.nl">Elastix@bigr.nl</a><br>
<a moz-do-not-send="true" href="http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix" target="_blank">http://lists.bigr.nl/cgi-bin/mailman/listinfo/elastix</a><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
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<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> <br>
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Elastix mailing list
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</blockquote>
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Stefan Klein
+31 10 7043442
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