<html><head></head><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue-Light, Helvetica Neue Light, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px"><div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12810"><span>Hi Fabien,</span></div><div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12810" dir="ltr"><span id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12950"> thanks for your quick reply and useful tips. I tried both way: - img3 as moving and transformed img2 as fixed. - img1 as moving and transformed img2 as fixed. The result either bad registration or an error:   "Too many samples map outside moving image buffer"</span></div><div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12810" dir="ltr"><span id="yui_3_16_0_1_1447148520426_13108">I activated the testing and rebuild elastix again and found the binary elxInvertTransform but after I ran the program nothing happened, no error message or output (I used only Rigid transform for just testing if I can get back to the original image). </span></div><div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12810" dir="ltr"><span id="yui_3_16_0_1_1447148520426_13057">After doing landmarks registration using 3D Slicer, I found out that I need only a translation transform. Is there anyway to enhance the registration using Translation transform by changing specific parameters? </span></div><div></div><div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12809">Here is more information about the images: </div><div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12809" dir="ltr">img1, CT_hr: Part of head, Size( 503,503,167), Spacing( 0.16mm, 0.16mm, 0.48mm), Origin(40.2mm, 40.2, -39.8mm), Directions [ -1,0,0;0,-1,0; 0,0,1],  MinMax( -32651, 32607), Data_type(short).  img2 CT_lr: Head, Size( 512,512,50), Spacing( 0.40mm, 0.40mm, 1mm), Origin(96.7mm, 283.7,-427mm), Directions [ -1,0,0;0,-1,0; 0,0,1],  MinMax( -1024,2806),Data_type(short).  img3 MR: Head, Size(384,512,64), Spacing( 0.39mm, 0.39mm, 0.7mm), Origin(80.8mm, 116.1mm, -56.1mm), Directions [ -1,0,-0.0018;-0.0004,-0.9794,0.2020; -0.0018,0.2020,0.9794],  MinMax( 0, 2963),Data_type(unsigned short).</div><div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12809">  Best regards and have a nice day!</div><div class="signature" id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12806"><div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12805">  Ibraheem <div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12808"><div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12815"> </div></div></div></div><br>  <div style="font-family: HelveticaNeue-Light, Helvetica Neue Light, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;" id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12949"> <div style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;" id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12948"> <div dir="ltr" id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12947"> <hr size="1" id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12946">  <font size="2" face="Arial" id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12959"> <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Fabien PERTUY <pertuy@igbmc.fr><br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> ibraheem aldhamari <ibr_ex@yahoo.com>; "elastix@bigr.nl" <elastix@bigr.nl> <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Monday, November 9, 2015 11:30 PM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> RE: [Elastix] Question about registration of three different modalities.<br> </font> </div> <div class="y_msg_container" id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12960"><br><div id="yiv2914234375"><div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12963">
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12962">
<div style="font-family:Calibri, sans-serif;font-size:11pt;" id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12961">Hi Ibraheem,<br clear="none">
<br clear="none">
Can't you register img3 as moving with the transformed img2 as fixed ?<br clear="none">
<br clear="none">
Otherwise maybe you should provide more info about the images (modalities, etc...)<br clear="none">
<br clear="none">
You can activate inverse transform when configuring CMake before building the project.<br clear="none">
<br clear="none">
Hopes it will help,<br clear="none">
<br clear="none">
Best,<br clear="none">
<br clear="none">
Fabien<br clear="none">
</div>
</div>
<div dir="ltr" id="yui_3_16_0_1_1447148520426_14102">
<hr id="yui_3_16_0_1_1447148520426_14101">
<span style="font-family:Calibri, sans-serif;font-size:11pt;font-weight:bold;">De :
</span><span style="font-family:Calibri, sans-serif;font-size:11pt;"><a rel="nofollow" shape="rect" ymailto="mailto:ibr_ex@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:ibr_ex@yahoo.com">ibraheem aldhamari</a></span><br clear="none">
<span style="font-family:Calibri, sans-serif;font-size:11pt;font-weight:bold;">Envoyé :
</span><span style="font-family:Calibri, sans-serif;font-size:11pt;" id="yui_3_16_0_1_1447148520426_14103">‎09/‎11/‎2015 18:00</span><br clear="none">
<span style="font-family:Calibri, sans-serif;font-size:11pt;font-weight:bold;">À :
</span><span style="font-family:Calibri, sans-serif;font-size:11pt;"><a rel="nofollow" shape="rect" ymailto="mailto:elastix@bigr.nl" target="_blank" href="mailto:elastix@bigr.nl">elastix@bigr.nl</a></span><br clear="none">
<span style="font-family:Calibri, sans-serif;font-size:11pt;font-weight:bold;">Objet :
</span><span style="font-family:Calibri, sans-serif;font-size:11pt;">[Elastix] Question about registration of three different modalities.</span><br clear="none">
<br clear="none">
</div>
<div class="qtdSeparateBR"><br><br></div><div class="yiv2914234375yqt5493779407" id="yiv2914234375yqt37802"><div>
<div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue-Light, Helvetica Neue Light, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px;">
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4951"><span id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_5046">Hi,</span></div>
<div dir="ltr" id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4951"><span id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_5047">I have three types of images (img1, img2 and img3) from different moralities. I need to register them all.  After I tried many options, I finally can register img1
 as a fixed image and img2 as a moving image, I also can register img3 as fixed image and img2 as a moving image but I can not register successfully img1 and img3. Is it possible to use the results I have to register img1 and img3?  </span></div>
<div dir="ltr" id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4951">I thought about using the inverse transform as written in the manual but it does not work (or maybe I used it wrong). Also, after I built elastix from the source I can not find a binary file for elxInvertTransform.
   </div>
<div dir="ltr" id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4951"> <br clear="none">
</div>
<div class="yiv2914234375signature" id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4907">Best regards and have a nice day!
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4906">
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4922">
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4921">Ibraheem  </div>
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4931"> </div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div>
</div></div><br><br></div> </div> </div>  </div></body></html>