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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">Sorry, forgot to cc the mailing list.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">De :</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Fabien PERTUY
<br>
<b>Envoyé :</b> mardi 10 novembre 2015 12:22<br>
<b>À :</b> 'ibraheem aldhamari' <ibr_ex@yahoo.com><br>
<b>Objet :</b> RE: [Elastix] Question about registration of three different modalities.<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">Hi Ibraheem,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">Maybe you can try what is indicated here:
<a href="http://elastix.isi.uu.nl/FAQ.php#Q_TooManySamples">http://elastix.isi.uu.nl/FAQ.php#Q_TooManySamples</a>
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">You can try translation transform using (Transform "TranslationTransform") instead of EulerTransform (Rigid)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">Fabien<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">De :</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> ibraheem aldhamari [</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><a href="mailto:ibr_ex@yahoo.com"><span lang="EN-US">mailto:ibr_ex@yahoo.com</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">]
<br>
<b>Envoyé :</b> mardi 10 novembre 2015 11:48<br>
<b>À :</b> Fabien PERTUY <</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><a href="mailto:pertuy@igbmc.fr"><span lang="EN-US">pertuy@igbmc.fr</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">>;
</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><a href="mailto:elastix@bigr.nl"><span lang="EN-US">elastix@bigr.nl</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><br>
<b>Objet :</b> Re: [Elastix] Question about registration of three different modalities.<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12810">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">Hi Fabien,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12810">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"> thanks for your quick reply and useful tips. I tried both way: - img3 as moving and transformed img2 as fixed. - img1 as moving and transformed img2
 as fixed. The result either bad registration or an error:   "Too many samples map outside moving image buffer"<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12810">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">I activated the testing and rebuild elastix again and found the binary elxInvertTransform but after I ran the program nothing happened, no error message
 or output (I used only Rigid transform for just testing if I can get back to the original image). <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12810">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">After doing landmarks registration using 3D Slicer, I found out that I need only a translation transform. Is there anyway to enhance the registration
 using Translation transform by changing specific parameters? <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12809">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">Here is more information about the images: <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12809">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">img1, CT_hr: Part of head, Size( 503,503,167), Spacing( 0.16mm, 0.16mm, 0.48mm), Origin(40.2mm, 40.2, -39.8mm), Directions [ -1,0,0;0,-1,0; 0,0,1],  MinMax(
 -32651, 32607), Data_type(short).  img2 CT_lr: Head, Size( 512,512,50), Spacing( 0.40mm, 0.40mm, 1mm), Origin(96.7mm, 283.7,-427mm), Directions [ -1,0,0;0,-1,0; 0,0,1],  MinMax( -1024,2806),Data_type(short).  img3 MR: Head, Size(384,512,64), Spacing( 0.39mm,
 0.39mm, 0.7mm), Origin(80.8mm, 116.1mm, -56.1mm), Directions [ -1,0,-0.0018;-0.0004,-0.9794,0.2020; -0.0018,0.2020,0.9794],  MinMax( 0, 2963),Data_type(unsigned short).<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12809">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">  Best regards and have a nice day!<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12806">
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12805">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">  Ibraheem <o:p></o:p></span></p>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12808">
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12815">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"><o:p> </o:p></span></p>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12949">
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12948">
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12947">
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;background:white">
<span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">
<hr size="1" width="100%" align="center">
</span></div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black"> Fabien PERTUY <</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black"><a href="mailto:pertuy@igbmc.fr"><span lang="EN-US">pertuy@igbmc.fr</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black">><br>
<b>To:</b> ibraheem aldhamari <</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black"><a href="mailto:ibr_ex@yahoo.com"><span lang="EN-US">ibr_ex@yahoo.com</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black">>;
 "</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black"><a href="mailto:elastix@bigr.nl"><span lang="EN-US">elastix@bigr.nl</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black">"
 <</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black"><a href="mailto:elastix@bigr.nl"><span lang="EN-US">elastix@bigr.nl</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black">>
<br>
<b>Sent:</b> Monday, November 9, 2015 11:30 PM<br>
<b>Subject:</b> RE: [Elastix] Question about registration of three different modalities.</span><span lang="EN-US" style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12960">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span lang="EN-US" style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"><o:p> </o:p></span></p>
<div id="yiv2914234375">
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12963">
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12962">
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_12961">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Hi Ibraheem,<br>
<br>
Can't you register img3 as moving with the transformed img2 as fixed ?<br>
<br>
Otherwise maybe you should provide more info about the images (modalities, etc...)<br>
<br>
You can activate inverse transform when configuring CMake before building the project.<br>
<br>
Hopes it will help,<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Fabien<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div id="yui_3_16_0_1_1447148520426_14102">
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center;background:white">
<span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">
<hr size="2" width="100%" align="center">
</span></div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:white"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">De :
</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><a href="mailto:ibr_ex@yahoo.com" target="_blank">ibraheem aldhamari</a></span><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"><br>
</span><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Envoyé :
</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">‎09/‎11/‎2015 18:00</span><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"><br>
</span><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">À :
</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><a href="mailto:elastix@bigr.nl" target="_blank">elastix@bigr.nl</a></span><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"><br>
</span><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">Objet :
</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">[Elastix] Question about registration of three different modalities.</span><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div id="yiv2914234375yqt37802">
<div>
<div>
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4951">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">Hi,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4951">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">I have three types of images (img1, img2 and img3) from different moralities. I need to register them all.  After I tried many options, I finally can
 register img1 as a fixed image and img2 as a moving image, I also can register img3 as fixed image and img2 as a moving image but I can not register successfully img1 and img3. Is it possible to use the results I have to register img1 and img3?  <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4951">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">I thought about using the inverse transform as written in the manual but it does not work (or maybe I used it wrong). Also, after I built elastix from
 the source I can not find a binary file for elxInvertTransform.   <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4951">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4907">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">Best regards and have a nice day!
<o:p></o:p></span></p>
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4906">
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4922">
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4921">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black">Ibraheem  <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div id="yiv2914234375yui_3_16_0_1_1447085896388_4931">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:white"><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif;color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
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</html>